Pergeseran Spektral Merah dalam Deteksi Kolorimetri Sensitif Tuberkulosis oleh Kompleks Antigen-Antibodi ESAT-6:Strategi Baru dengan Nanopartikel Emas
Abstrak
Tuberkulosis (TB) adalah penyakit yang sangat menular yang mengancam jiwa yang disebabkan oleh bakteri patogen Mycobacterium tuberculosis . ESAT-6, protein target antigenik sekretori awal yang berlimpah oleh M . tuberkulosis , ditemukan memainkan peran penting dalam virulensi. Mengembangkan metode yang ramah untuk mendeteksi ESAT-6 pada konsentrasi yang lebih rendah memfasilitasi pengobatan TB pada tahap awal dan membantu mengendalikan penyebaran penyakit. Di sini, pendekatan satu langkah baru dirancang dan dilakukan dengan pra-pencampuran ESAT-6 dan antibodi sebelum ditambahkan ke nanopartikel emas (GNP) diikuti dengan agregasi yang diinduksi garam. Kami dapat mencapai batas deteksi 1,25 pM, yang menunjukkan agregasi GNP dan pergeseran spektral merah. Lebih lanjut, spesifisitas yang lebih tinggi ditunjukkan dengan kurangnya biofouling elektrostatik oleh ESAT-6 pada GNP dan mempertahankan GNP yang tersebar dengan adanya protein filtrat kultur 10-kDa dari M. TBC . Konsentrasi antibodi tepat yang diperlukan untuk pengujian ini adalah 60 nM. Peningkatan konsentrasi antibodi dari 75 nM secara drastis mengurangi sensitivitas hingga ~ 680 kali lipat, karena efek crowding. Dengan uji ini, kami membuktikan kesesuaian uji kolorimetri untuk mendeteksi protein berukuran lebih kecil secara efisien.
Latar Belakang
Tuberkulosis (TB) disebabkan oleh Mycobacterium tuberculosis , salah satu penyakit penyebab kematian utama pada manusia, dan awalnya menyerang paru-paru. Akibatnya, menyebar ke bagian lain dari tubuh seperti ginjal, tulang belakang, dan otak dan menjadi lebih parah ketika kekebalan menurun. Untuk menyelamatkan orang dengan tindakan pencegahan, adalah wajib untuk mengidentifikasi dan mengobati TB pada tahap laten. Di bawah tahap ini, pasien telah terinfeksi oleh M. TBC; Namun, patogen tidak aktif. Ada berbagai metode yang digunakan untuk mendeteksi TB pada stadium laten, antara lain uji kulit TB dan uji interferon-gamma. Pada kebanyakan kasus, tes kulit TB saja tidak dapat mendeteksi infeksi TB aktif, dan pasien perlu dikonfirmasi dengan tes pendukung lainnya, seperti rontgen dada, sitologi sputum, dan kultur sputum [1]. Tetapi tes ini membutuhkan langkah-langkah laboratorium yang lebih keras dan memakan waktu beberapa bulan untuk menyelesaikannya; oleh karena itu, mengembangkan metode yang lebih mudah dan efisien untuk mendeteksi TB pada tahap awal adalah wajib.
Uji kolorimetri berbasis nanopartikel emas (GNP) menunjukkan perhatian besar di bidang biosensor karena karakteristik fisik dan kimianya yang unik, seperti koefisien kepunahan yang lebih tinggi pada panjang gelombang yang terlihat dan resonansi plasmon permukaan yang dapat diubah. Solusi GNP monodispersi menampilkan koefisien kepunahan tinggi dan menunjukkan spektrum di wilayah yang terlihat. Jika GNP memiliki ruang yang tepat di antara mereka, mereka akan tampak sebagai larutan berwarna merah dan akan berubah menjadi biru ketika mereka dikumpulkan di bawah kondisi ion divalen yang tersedia [2]. Dengan adanya ion yang sesuai, ruang di antara GNP akan terisi, mencapai tahap agregasi, dan menampilkan pergeseran spektral menuju panjang gelombang yang terlihat yang disebut 'pergeseran merah'. Dengan memanfaatkan pergeseran spektral ini, banyak tes kolorimetri telah dihasilkan untuk mendeteksi penyakit, seperti HIV dan influenza [3, 4]. Jenis tes ini mengandalkan urutan oligonukleotida untai tunggal, dan aptamer telah banyak digunakan sebagai molekul yang cocok untuk mendeteksi target [5, 6]. Sekuens DNA atau RNA untai tunggal dapat mengikat pada permukaan GNP melalui koordinasi antara atom emas dan nitrogen dalam basa DNA [7,8,9]. GNP yang dimodifikasi dengan oligonukleotida stabil di bawah kondisi garam yang lebih tinggi. Ketika analit tersedia, oligonukleotida akan dipisahkan dari emas dan dikumpulkan dengan adanya ion divalen kemudian menampilkan larutan biru. Uji GNP yang didemonstrasikan lebih murah, memakan waktu lebih sedikit untuk deteksi, lebih mudah untuk difungsikan, dan menunjukkan deteksi visual dengan sensitivitas yang baik [10,11,12,13,14]. Karena sikap positif ini, uji kolorimetri berbasis GNP telah diperluas untuk mendeteksi molekul yang lebih kecil termasuk DNA, RNA, protein, sel utuh, dan ion logam. Beberapa aptamer tersedia untuk mendeteksi analit ini dengan menggunakan uji kolorimetri berbasis GNP aptamer yang disederhanakan, menunjukkan pergeseran spektral merah [15,16,17,18,19].
Meskipun tes kolorimetri telah didokumentasikan dengan baik dengan aptamer, DNA atau RNA, mereka juga memiliki dampak negatif dalam beberapa kasus karena kinerjanya yang buruk dengan urutan yang lebih panjang dan kegagalan dengan probe dan analisis target interaktif [20,21,22]. Ini mungkin karena muatan yang lebih tinggi pada biomolekul yang membuat interaksi yang lebih kuat dengan permukaan GNP secara elektrostatik, yang pada akhirnya membuat molekul target tidak dapat melepaskan molekul probe yang terpasang pada permukaan GNP. Untuk mengatasi rintangan ini, di sini, kami memperkenalkan uji kolorimetri berbasis antibodi satu langkah untuk mendeteksi protein ESAT-6. Protein ESAT-6 adalah protein sekretaris awal, diidentifikasi sebagai antigen penting dalam tuberkulosis [23,24,25]. Mendiagnosis protein ESAT-6 pada tahap awal, adalah wajib untuk mengobati penyakit dan menghindari penyebaran. Gambar 1a, b mengilustrasikan strategi yang dirancang untuk mendeteksi ESAT-6 oleh antibodinya menggunakan uji pergeseran spektral merah kolorimetri berbasis GNP. Berikut ini adalah langkah-langkah yang terlibat dalam metode deteksi ini:(i) antibodi poliklonal anti-ESAT-6 telah dicampur sebelumnya dengan antigen ESAT-6/CFP-10, (ii) GNP ditambahkan ke larutan ini, (iii) NaCl ditambahkan ditambahkan, dan (iv) deteksi visual dan analisis pergeseran spektral merah dengan spektroskopi UV dilakukan. Dengan langkah-langkah ini, kami melakukan analisis kritis untuk menjelaskan interaksi berbasis muatan antara GNP dan protein yang dikomplekskan dan menyimpulkan kesesuaian antigen-antibodi pra-pencampuran untuk pengujian kolorimetri. Untuk eksperimen kontrol, kultur filtrat protein-10 (CFB-10) digunakan sebagai pengganti ESAT-6 (Gbr. 1).
Metode
Reagen dan Biomolekul
Target antigenik sekretori awal (ESAT-6) dan protein filtrat kultur 10 kDa (CFP-10) diperoleh dari Sino Biological Inc. (Beijing, China). Anti-ESAT-6 dibeli dari Santa Cruz Biotechnology (USA). Nanopartikel emas dengan diameter 15 nm diperoleh dari Sigma Aldrich (USA). Air deionisasi yang dihasilkan oleh sistem deionisasi RO (18,3 MΩ·cm SASTEC (M) Sdn. Bhd) digunakan untuk seluruh eksperimen.
Optimasi Ion Divalen ke GNP Agregat
Untuk mendeteksi ESAT-6 dalam penelitian ini, ion divalen (NaCl) digunakan untuk memvisualisasikan agregasi GNP. Untuk mengoptimalkan kondisi yang sesuai dengan NaCl, konsentrasi yang berbeda (konsentrasi akhir menjadi 50 hingga 800 mM) ditambahkan ke volume konstan (20 μl) GNP [one optical density (OD)]. Setelah 15 menit, perubahan warna difoto menggunakan kamera digital SONY. Pergeseran spektral dengan perubahan ini dipantau oleh Nanofotometer.
ESAT-6 Biofouling pada Permukaan GNP:Validasi Spesifisitas
Untuk memvalidasi pengikatan non-spesifik (biofouling) ESAT-6 pada permukaan GNP, konsentrasi yang berbeda (konsentrasi akhir menjadi 1,5 hingga 100 nM) ditambahkan ke 20 μl GNP. Setelah 30 menit, konsentrasi optimal NaCl ditambahkan ke setiap tabung dan kemudian diamati perubahan warna dan pergeseran spektral seperti yang dilakukan pada percobaan di atas. Demikian pula, biofouling juga diuji dengan CFP-10.
Optimasi Konsentrasi Antibodi Anti-ESAT-6 Wajib pada Permukaan GNP
Untuk mengoptimalkan konsentrasi antibodi anti-ESAT-6 yang diperlukan untuk mengevaluasi eksperimen saat ini, konsentrasi antibodi anti-ESAT-6 yang berbeda (konsentrasi akhir menjadi 30 hingga 500 nM) dicampur secara terpisah dengan 20 μl GNP. Setelah 30 menit inkubasi, volume optimal NaCl ditambahkan ke setiap tabung, foto diambil, dan perubahan spektral dicatat setelah 15 menit.
Deteksi ESAT-6 oleh Pergeseran Spektral Merah Kolorimetri Berbasis Antibodi
Untuk mengembangkan deteksi kolorimetri ESAT-6 dengan perubahan spektral pergeseran merah kolorimetri berbasis antibodi, 1 μl 1 μM ESAT-6 (volume akhir akan menjadi 500 nM) awalnya dicampur dengan 1 μl konsentrasi antibodi anti-ESAT-6 yang optimal . Setelah 30 menit inkubasi, 20 l GNP ditambahkan ke setiap tabung dan kemudian menunggu selama 30 menit. Kemudian, konsentrasi NaCl optimal ditambahkan, dan perubahan spektral diukur di bawah panjang gelombang 400 hingga 800 nm. Demikian pula, konsentrasi ESAT-6 lainnya (0 hingga 500 nM) dititrasi dengan konsentrasi antibodi anti-ESAT-6 yang dioptimalkan sama. Untuk memeriksa batas deteksi, ESAT-6 diuji dari picomolar terendah (dari 1,25 pM) hingga urutan nanomolar (500 nM). Konsentrasi molekul lain (antibodi anti-ESAT-6, GNP dan NaCl) dijaga konstan.
Hasil dan Diskusi
Uji kolorimetri berbasis antibodi yang menunjukkan perubahan spektral sebagai pergeseran merah diikuti di sini untuk mendeteksi ESAT-6. Gambar 1a menunjukkan representasi skema dari uji kolorimetri berbasis antibodi satu langkah; dengan adanya ESAT-6, perubahan warna dalam larutan GNP diharapkan menjadi biru dengan pergeseran spektral merah setelah kehilangan stabilitas GNP di bawah konsentrasi tinggi ion divalen, NaCl, sedangkan, tanpa ESAT-6, GNP stabil karena perlekatan antibodi anti-ESAT-6 pada permukaan GNP dan menyebabkan mempertahankan warna merah aslinya bahkan pada konsentrasi NaCl yang tinggi. Strategi ini dikonfirmasi dengan menggunakan CFP-10 non-spesifik terhadap antibodi anti-ESAT-6 dan seharusnya menampilkan solusi GNP warna merah (Gbr. 1b). Karena CFB-10 juga merupakan protein utama dalam menyebabkan tuberkulosis, di sini, kami digunakan sebagai protein kontrol [26]. Umumnya, untuk jenis pengujian berbasis GNP ini, GNP berukuran 13 hingga 15 nm sangat cocok untuk mencapai sensitivitas yang lebih tinggi [27], dan meningkatkan ukuran GNP tidak sesuai untuk mencapai batas deteksi yang baik. Hal ini disebabkan oleh alasan bahwa peningkatan ukuran GNP membutuhkan jumlah antibodi yang lebih tinggi untuk mengikat permukaan GNP. Jika jumlah antibodi yang lebih tinggi mengikat pada permukaan, itu mengarah ke hasil negatif palsu. Di sini, kami ingin menggunakan GNP 15 nm dan mencapai sensitivitas maksimal ke tingkat sub-pikomolar.
Optimasi Ion Divalen untuk Agregasi GNP Terkendali
Untuk optimasi deteksi ini, kami menggunakan NaCl untuk agregasi GNP. Ketika kami menyaring konsentrasi NaCl yang diperlukan seperti yang ditunjukkan pada Gambar 2, konsentrasi NaCl yang berbeda ditambahkan ke GNP, warna larutan mulai tampak biru, menunjukkan agregasi dengan 100 mM NaCl. Dan juga dari spektrum, terlihat jelas bahwa hanya dengan GNP agregat (konsentrasi NaCl dari 100 hingga 800 mM), terjadi pergeseran merah pada panjang gelombang ~ 600 nm, sedangkan GNP terdispersi (konsentrasi NaCl dari 0 hingga 50 mM) masih mempertahankan spektrumnya pada ~ 500 nm. Namun, ada perubahan spektral puncak yang tidak signifikan dengan 50 mM NaCl. Dari hasil ini, disimpulkan bahwa kami membutuhkan setidaknya 100 mM NaCl untuk agregasi GNP, tetapi untuk mendapatkan sensitivitas yang ditingkatkan, kami menggunakan konsentrasi NaCl yang lebih tinggi (800 mM) untuk eksperimen lebih lanjut. Sebelumnya, kisaran NaCl yang serupa untuk agregasi GNP ditunjukkan oleh Gopinath et al. [10].